北京市耳鼻咽喉科研究所的历史可溯源至1953年北京市耳鼻咽喉医院的创建，它是我国第一个耳鼻咽喉科专业研究机构。

　　耳研所创建之初正处在建国初期百废待兴、社会医疗卫生状况极度落后的历史时期。老一代专家为耳鼻咽喉科事业潜心钻研、开拓进取，历经40年积淀，在刘瑞华、徐荫祥、刘鋋三位所长的带领下，研究所在临床和基础研究多个学术领域一直保持着国内领先地位。刘瑞华的耳科学、徐荫祥的气管食管学、秦廷权的内耳组织学和病理学、刘千的临床听力学、刘鋋的内耳疾病学、邓元诚的听障儿童助听器早期干预等，在国内外都享有一定的学术声誉。他们制作了大量珍贵的解剖标本，绘制出中国第一本耳鼻咽喉科学解剖图谱;率先在国内开展了胚胎发育全过程内耳病理切片、聋哑儿童听觉语言康复研究等工作;出版了耳鼻咽喉科英汉字典;研制了噪声防护耳塞并制定了中国工业噪声标准;设立了临床听力眩晕专台门诊。由此，奠定了耳研所在全国的学术地位和学术影响。

　　学科发展和建设需要几代人不懈的努力。20世纪90年代初，耳研所在历经近半个世纪的成长历练后，为适应社会对学科的要求，不断调整发展方向，完善学科发展机制，在第四任所长韩德民的带领下，进入了学科展翅腾飞的黄金时期。

　　为了进一步与临床耳鼻咽喉科学相结合，解决学科常见重大疾病临床问题，耳研所连同首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科于2002年成立北京市耳鼻咽喉头颈外科研究中心(京编办事【2002】191)，将耳鼻咽喉头颈外科常见重大疾病的基础与临床应用研究作为中心医教研工作的主旨方向，开创科所结合的发展格局，科研方向布局日趋全面、合理，每个学科特色或研究方向均有稳定的科研团队，科研成果多领域全面开花。经过近20年飞速发展已成为国家重点学科(2002年)、教育部重点实验室(2007年)、卫生部“国家临床重点专科”(2012)、北京市重点实验室

(2012)、北京市中西医结合耳鼻咽喉科研究所(2013)、变态反应国家临床重点专科(2014)和耳鼻咽喉科学北京市国际合作基地，创办了国家生命科学与技术人才培养基地(2003年)，为学科培养了大批高质量优秀人才。同时与美国和欧洲多所世界一流高校、科研机构积极开展针对性强的项目合作及人才培养，促进了耳研所在多个研究领域的快速发展和科技人才储备, 学科队伍高端人才涌现，包括中国工程院院士、教育部长江学者特聘教授、国家自然科学基金杰出青年基金获得者等。